Dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie

Zakres zamówienia obejmuje dostawę na rzecz Zamawiającego: systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR]. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia zawarty jest w Załączniku nr 1 do SWZ. ZESTAWIENIE MINIMALNYCH WYMAGANYCH PARAMETRÓW TECHNICZNYCH I UŻYTKOWYCH: Lp. MINIMALNY PARAMETR WYMAGANY: 1.

System do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiający analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] 2. Waga urządzenia nie większa niż 360 kg 3. Powierzchnia robocza zajmowana przez urządzenie nie większa niż 0,6 m2 4. Wymiary urządzenia nie większe niż: wysokość 170 cm, szerokość 95 cm, głębokość 90 cm 5.

Urządzenie wyposażone w wyświetlacz LCD wraz z panelem dotykowym służącym do interaktywnej obsługi przez użytkownika 6. Przestrzeń robocza urządzenia wyposażona w: ramię robotyczne, przestrzeń przeznaczoną na płytki z odczynnikami, przestrzeń na pojemniki z tipsami, przestrzeń na płytki (chipy) do sekwencjonowania, strefę zrzutu odpadów 7. Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym 8.

Urządzenie zapewniające możliwość uzyskania >5Gb danych oraz >370 000 odczytów z jednego czipu, >80Gb danych i >6 000 000 odczytów przy pełnej przepustowości urządzenia 9. Sekwencjonowanie DNA przy użyciu trójfosforanów deoksyrybonukleotydów kowalencyjnie połączonych z odpowiednimi fluoroforami – fluorofory przyłączone do 5’ terminalnej reszty fosforanowej (fosforan w pozycji gamma) 10.

Reakcja sekwencjonowania odbywa się w studzienkach reakcyjnych, w których immobilizowana jest pojedyncza cząsteczka rekombinowanej polimerazy DNA oraz matryca DNA/cDNA 11. Reakcje sekwencjonowania pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym zachodzą w objętości należącej do rzędu wielkości zeptolitrów 12. Sekwencjonowanie genomowego DNA bez konieczności uprzedniej amplifikacji materiału biologicznego metodą reakcji łańcuchowej polimerazy – PCR 13.

Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów po wcześniejszej konwersji materiału RNA do komplementarnego DNA (cDNA) przy wykorzystaniu metody odwrotnej transkrypcji 14. Urządzenie umożliwiające pozycjonowanie modyfikacji epigenetycznych w genomie wyłącznie dzięki analizie kinetyki reakcji sekwencjonowania DNA 15. Urządzenie dające możliwość pozycjonowania modyfikacji epigenetycznych w sekwencji DNA 16.

Możliwość pozycjonowania modyfikacji epigenetycznej 5mC bez konieczności wcześniejszej konwersji przy użyciu dwusiarczanu sodu 17. Urządzenie umożliwiające uzyskanie pojedynczych odczytów sekwencji nukleotydowych cząsteczek DNA o średniej długości nie mniejszej niż 20 000 kpz 18. Urządzenie umożliwiające uzyskiwanie odczytów sekwencji nukleotydowych o długości powyżej 80 kpz 19.

Informacje na temat sekwencji nukleotydowych pozyskane w reakcji sekwencjonowania umożliwiające analizę strukturalną genomu z uwzględnieniem: VNTR, duplikacji, duplikacji rozproszonych, translokacji, inwersji, insercji oraz polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP). 20. Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie oraz pozycjonowanie w genomie długich rejonów powtórzeniowych bogatych w trójnukleotyd CGG oraz rejonów bogatych w reszty AT 21.

Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie homopolimerów DNA i dającej informacje na temat ich długości – przykładowo charakterystyka długości ogonów poliA obecnych w transkryptach matrycowego RNA (mRNA) 22. Urządzenie dostarczone z odpowiednimi płytkami (chipami) umożliwiającymi jednoczesne sekwencjonowanie pojedynczych molekuł DNA/cDNA w czasie rzeczywistym, w dołkach reakcyjnych, w ilości 1 000 000 dołków reakcyjnych przypadających na płytkę 23.

Urządzenie dostarczone z dedykowanym systemem UPS 24. Waga urządzenia UPS nie większa niż 60 kg 25. Wymiary urządzenia UPS nie większe niż: wysokość 75 cm, szerokość 20 cm, głębokość 60 cm 26. Urządzenie dostarczone z zestawem służącym do konstrukcji bibliotek DNA – cząsteczki DNA stanowiące matryce do reakcji sekwencjonowania mają formę kolistą dzięki zastosowaniu uniwersalnych adaptorów o strukturze typu „spinka do włosów” (ang. stem-loop structure) zawierające: a) Automatyczną stację do przygotowywania bibliotek DNA: a. wyposażoną w wymienne moduły, co najmniej: i. termocyklera ii. grzewczo-chłodzący iii. termowytrząsarki iv. statywu magnetycznego v. co najmniej jednego podajnika racków z tipami vi. ramienia transportującego płytki vii. wymiennych pipet – co najmniej jednej 96 kanałowej o zakresie objętości roboczych 5-1000 µl oraz co najmniej dwóch pipet 8 kanałowych o objętościach roboczych 1-50 µl i 5-1000 µl viii. zrzutu zużytych tipów ix. aluminiowych bloków do modułu grzewczo-chłodzącego o formatach: płytek 96 dołkowych, płytek typu deep-well oraz standardowych probówek typu Eppendorf o pojemnościach 1,5 i 2 ml b. umożliwiającą programowanie własnych protokołów reakcyjnych c. wyposażoną w startowe materiały zużywalne kompatybilne ze stacją: i. tipy z filtrem o pojemności 50 µl (minimum 40 racków po 96 tipów) ii. tipy z filtrem o pojemności 1000 µl (minimum 40 racków po 96 tipów) iii. płytki 96 dołkowe o pojemności 200 µl (minimum 100 sztuk) iv. płytki 96 dołkowe typu deep-well o pojemności 2000 µl (minimum 200 sztuk) v. przykrywki do płytek do wykorzystania w module termocyklera (minimum 20 sztuk) b) Urządzenie do spektrofotometrycznego pomiaru stężenia DNA w materiale badanym oraz w skonstruowanej bibliotece DNA wraz z oznaczeniem zanieczyszczeń posiadające co najmniej następujące funkcjonalności: a. funkcję umożliwiającą identyfikację zanieczyszczeń w badanej próbce DNA, co najmniej białko, fenol, związki guanidyny b. funkcję korekcji odczytu w oparciu o zidentyfikowane zanieczyszczenie c. dotykowy wyświetlacz o rozmiarze co najmniej 8 cali (...) cd. w polu "Informacje dodatkowe"